প্রাকৃতিক খনিজ জলের গঠন শুরু হয় বৃষ্টিপাত (বৃষ্টি এবং তুষার) ভূগর্ভস্থ জলে অনুপ্রবেশের মাধ্যমে। এই জল তারপরে পাথরের স্তরগুলির মাধ্যমে ফিল্টার করা হয় যেমন বেলেপাথর, সমষ্টি এবং চুনাপাথর দিয়ে কূপ-বিকশিত ফিসার, গভীর ভূগর্ভে ধীর রাসায়নিক বিক্রিয়ার মধ্য দিয়ে যা কয়েক দশক থেকে শত শত বা এমনকি দশ হাজার বছর পর্যন্ত স্থায়ী হতে পারে।
খনিজকরণের মধ্যে প্রাথমিকভাবে দ্রবীভূতকরণ, শোষিত ক্যাটেশনের পরিবর্তন, রেডক্স প্রতিক্রিয়া, বাষ্পীভবন এবং ঘনত্ব এবং মিশ্রণ অন্তর্ভুক্ত থাকে।
চুনাপাথর এবং ডলোমাইটের মতো নির্দিষ্ট শিলা স্তরের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত জল খনিজগুলিকে দ্রবীভূত করে ক্যালসিয়াম এবং ম্যাগনেসিয়াম সমৃদ্ধ খনিজ জল তৈরি করে। আগ্নেয়গিরির শিলা, যেমন গ্রানাইট, মেটাসিলিসিক অ্যাসিড সমৃদ্ধ। একুইফারের উপরে অভেদ্য শিলা স্তর, যেমন শেল এবং ক্লেস্টোন, সুরক্ষা প্রদান করে।
খনিজ জল ভূগর্ভস্থ জলাভূমিতে সংরক্ষণ করা হয় এবং প্রাকৃতিকভাবে ভূতাত্ত্বিক ত্রুটি অঞ্চলের মাধ্যমে আর্টিসিয়ান স্প্রিংস তৈরি করে বা কৃত্রিম তুরপুনের মাধ্যমে বের করা হয়। জিলিন প্রদেশের ফুসং কাউন্টির মানজিয়াং শহরে জিনজিয়াং প্রাকৃতিক খনিজ জলকে উদাহরণ হিসাবে নিলে, এটি একটি উত্তর-পশ্চিমে অবস্থিত-প্রবণতা কমপ্রেশনাল-শিয়ার ফল্ট। ফল্ট বরাবর ভূগর্ভস্থ জলের প্রবাহের সময়, এটি আশেপাশের শিলাগুলিতে SiO₂ এর মতো দ্রবণীয় খনিজ উপাদানগুলিকে দ্রবীভূত করে এবং সমৃদ্ধ করে, যা মেটাসিলিসিক অ্যাসিড ধরণের খনিজ জল তৈরি করে।